Цікавою і насиченою є історія становлення КЗ «БСШІ І-ІІІ ст. з поглибленим вивченням окремих предметів та курсів».
Ще в далекому 1921 році, в Борзні, було організовано дитячий будинок в колишній садибі поміщика Білозерського.
Першими вихованцями стали діти з голодуючого Поволжжя. Пізніше почали привозити безпритульних дітей з різних куточків країни. Вихованці навчались у міській семирічній школі № 1.
З кожним роком кращали умови життя в дитячому будинку.
В 1923 році дитячий будинок поділився на два окремі. Один з них знаходився на теперішній території, другий по вул. Свердлова. Але в 1925 році ці дитячі будинки злилися в один, який дістав назву ‘‘Дитяче містечко ім. Жовтня”.
Першим директором дитячого будинку (1921 р.) булаМойсеєнко, після неї М.Г.Герасімова. потім М.І. Саєнко, П.П. Федорченко, Білецький.
У 1934 році директором було призначено Євтіхія Семеновича Прищепу.
Друга Світова війна внесла свої корективи в життя дитячого будинку. У серпні 1941 року його було евакуйовано в Середню Азію, куди відправили 120 дітей. їх супроводжували 4 вихователі та директор С.С.Прищепа.
Після визволення Борзни від німецьких військ, уже 06.11.1943 р., наказом по Чернігівському ОблВНО було відкрито спец, дитячий будинок.
Функціонувати ж він розпочав 27.06.1944 р. і став надійним притулком для обездоле- них війною дітлахів.
Поступово Борзнянський дитячий будинок, як і всі інші дитбудинки країни, перетворився у прекрасно обладнану дитячу установу, де для щасливого життя, навчання, праці і всебічного розвитку дітей було створено всі умови.
Влітку 1959 року стало відомо, що дитячий будинок буде реорганізовано в середню школу-інтернат, яка почала функціонувати з 1 вересня цього ж року. У цьому ж році були зведені і теперішній навчальний корпус та гуртожиток. Дітей звозили звідусіль. З Софіївського дитячого будинку привезли першокласників, з Черешенського до третього класу, з Краснохутірського до п’ятих і шостих класів. Першим директором став Сергій Демидович Литвиненко. Потім В.Т.Качалій, М.І.Чумак, М.К.Марченко, М.П.Роговий, П.Є.Єргалієв, В.Г. Яременко, Майстат Н. Г. продовжили справу становлення закладу.
За роки існування школа стала другою домівкою для своїх вихованців. Тут вони отримують глибокі, грунтовні знання, які допомагають їм знайти свою стежину в житті, відчувають тепло виховательських сердець, постійну увагу до себе, турботу з боку обслуговуючого персоналу - те, чого багатьом з них не вистачало у повсякденному житті в минулому.
Серед випускників гімназії стали видатними діячами та шанованими людьми суспільства: Ляшко О. В., народний депутат України, заслужений учитель України Гапонько А. І., Никоненко Д. М., доктор історичних наук, Фощан Я. І., кандидат історичних наук, старший науковий співробітник, Президія АН України, Горда О. Є., доктор філософії, аспірант Франкфуртського університету ім.. Гете, Клименко Т. Я., лікар фтізіатр Чернігівської обласної лікарні.
З метою створення належних умов для розвитку інтелектуальних здібностей та творчого потенціалу дітей рішеням одинадцятої сесії шостого скликання від 21.12.2012 року заклад було реорганізовано у Комунальний заклад «Борзнянська спеціалізована школа-інтернат І-ІІІ ст.
з поглибленим вивченням окремих предметів та курсів». Рішення було прийнято відповідно до статті 59 Господарського кодексу України, статей 104, 107 Цивільного кодексу України, статті 33 Закону України «Про державну реєстрацію юридичних осіб та фізичних осіб – підприємців», керуючись пунктом 20 частини 1 статті 43, пунктом 4 статті 60 Закону України «Про місцеве самоврядування в Україні».
Статут школи прийнято загальними зборами закладу від 19 червня 2013 року, протокол №8, затверджено наказом Управління освіти і науки Чернігівської обласної державної адміністрації №277 від 23 липня 2013 року. Відповідно до Статуту щкола здійснює загальноосвітню та спеціалізовану підготовку за філологічним та технологічним напрямами.